Le Conseil d'Administration est l'organe exécutif.
La MFR est liée à l' Etat par un contrat de participation au service public d'éducation. L' Etat verse une subvention unique globale qui couvre une partie des charges de fonctionnement et de personnel calculée en fonction d'un quota d'élèves et de niveau de formation.
Le conseil d'administration est responsable du fonctionnement et de la gestion de la maison. Les membres (parents d'élèves ou anciens parents, maîtres de stage ou professionnels) sont élus lors de l'assemblée générale annuelle (ci-contre Assemblée Générale mars 2008).
Le conseil d'administration compte 15 membres actifs dont un bureau composé pour la MFR de St Barthélémy de 6 personnes :